巨噬細胞是參與先天免疫反應并填充多個器官的生態位或區域的骨髓譜系細胞，作為組織發育和體內平衡的輔助細胞，并具有廣泛的免疫和非免疫相關組織支持活性。在 C57BL/6 小鼠品系中進行的譜系追蹤和命運映射研究表明，組織巨噬細胞群在整個生命中以依賴于巨噬細胞集落刺激因子和CSF1/CSF1R 信號軸的方式發育：這種發育是由卵黃囊中紅髓祖細胞 （EMP） 的瞬時造血波產生的吞噬細胞開始的， 然后是EMP來源的胎兒單核細胞根于胎兒肝臟中，最后是來自造血干細胞（HSC）的血液單核細胞譜。
已發現定居在不同組織中的組織駐留巨噬細胞表現出不同的功能和基因表達譜。例如，小膠質細胞是真正的中樞神經系統實質巨噬細胞，在突觸調節、突觸修剪和神經發生中起重要作用。肺泡巨噬細胞負責表面活性劑清除，這在肺泡間隙中很重要。脂肪巨噬細胞參與調節胰島素抵抗和適應性產熱，緩沖當地所需底物的濃度，如兒茶酚胺、脂質和鐵。即使在某個組織中，巨噬細胞群體，特別是組織駐留和募集的巨噬細胞，也具有高度異質性，具有特異性標記表達，如單細胞蛋白質組或轉錄組（單細胞RNA測序，scRNA-seq），質譜細胞術和表觀遺傳學研究所揭示的那樣。這些發現突出了巨噬細胞的特殊可塑性以及環境生態位與巨噬細胞異質性之間的密切關系，特別是在出生后時期。循環單核細胞被證明在常駐巨噬細胞丟失后以CSF1R依賴性方式募集并占據巨噬細胞池，并且特定組織內單核細胞來源巨噬細胞之間的異質性得到充分認可。然而，尚未報道組織駐留和募集巨噬細胞之間的系統比較。
從機制上講，巨噬細胞細胞功能和表達譜的異質性取決于精確的轉錄調控。譜系決定轉錄因子 （LDTF），例如 PU.1 和 C/EBP，在不同組織的巨噬細胞中普遍表達。巨噬細胞的細胞類型特異性轉錄因子（TFs），如腹膜巨噬細胞中的GATA6、小膠質細胞中的SALL1和肺巨噬細胞中的PPARg，可以與LDTF協同作用以確定巨噬細胞功能。最近，一項基于466個可用小鼠RNA測序（RNA-seq）數據集的網絡聚類的大規模薈萃分析系統地闡明了單核吞噬細胞系統（MPS）細胞的轉錄圖譜，概述了巨噬細胞在轉錄水平上的TF表達譜。
組學研究提供了一種快速而系統的方法來確定巨噬細胞的整體異質性。來自表觀基因組學和轉錄組學研究的新證據側重于巨噬細胞異質性，這些證據普遍證明了環境影響對組織駐留巨噬細胞特化的重要性。先前對細胞類型分辨的肝臟，大腦和心臟蛋白質組的研究強調了mRNA與蛋白質分析之間的相關性差，揭示了調節蛋白質合成和降解的轉錄后過程的重要性。因此，需要對巨噬細胞蛋白質組的異質性進行分析。
蛋白質組學方法系統比較肝臟定居巨噬細胞Kuffer Cells和招募過來的巨噬細胞Liver Recruited Macrophages表達差異對比。基于當前認知，F4/80和CD11b是區分組織駐留和募集巨噬細胞的相對指標。
除了利用蛋白質組學手段研究巨噬細胞，另一個比較常見和廣泛使用的手段就體內ClodronateLiposomes清除單核巨噬細胞。ClodronateLiposomes氯膦酸二鈉脂質體是清除單核巨噬細胞的利器。相關研究頻頻見于Cell,Nature和Science。靶點科技本期文獻介紹是LIPOSOMA產品，貨號CP-005-005，該套裝包含5ml清除試劑+5ml對照試劑。ClodronateLiposomes單核巨噬細胞清除套裝近年發表于Science雜志的文獻。
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